PCR實驗室通常分為四個主要區域：試劑準備區、樣品制備區、擴增區和擴增產物分析區，并設有專用走廊和緩沖區。每個區域應設有明顯的標志，且不能直通，需通過傳遞窗或其他方式進行物品傳遞。
PCR實驗室凈高為2.5米到2.7米，走廊凈寬宜為2.5米到3.0米。設有專用走廊和緩沖區，以減少交叉污染的風險。考慮人流、物流、氣流的順暢性，避免交叉污染，確保實驗流程的連續性和高效性。
墻體與天花板：主體結構使用彩鋼板圍護，墻面光潔、不
地面：建議使用PVC卷材或環氧樹脂自流坪，耐腐蝕、無縫隙、無滲漏。陰陽角均采用圓弧角密封處理，不易積塵。
通風系統：實驗室需要通過氣壓調節來防止氣溶膠污染，所以實驗室要配備有效的通風系統，采用全送全排的氣流組織形式，設計合理的壓力梯度，以保持各個區域之間的氣壓差異。實驗室的氣流應從擴增前區流向擴增后區，不得逆向流動。
風量控制：應安裝風量可調的回風口和排風扇，以控制空氣流向和換氣量。試劑準備區和樣品制備區應保持正壓，擴增區和擴增產物分析區則應保持負壓。
實驗臺柜和座椅采用穩固的全鋼實驗臺，邊角圓滑處理，柜門抽屜帶阻尼，三段式自動閉合。臺面采用防水、耐熱、耐有機溶劑、酸堿、消毒劑的實芯理化板或者環氧樹脂板。實驗臺、柜和其他設備之間應保持一定距離，以便清潔。配備生物安全柜、超凈臺等關鍵設備，確保實驗過程的生物安全和無菌操作。
安裝溫濕度、空氣質量、安全監控設備，實現遠程監控與報警。集成環境控制系統、通風系統、門禁等自動化控制系統，
確保PCR實驗室裝修設計的科學性和實用性。在裝修時，應嚴格遵守相關規范和標準，以確保實驗室的安全和效率。
