微生物實驗室要不同于一般的實驗室工程或凈化工程。主要應用于微生物學、生物醫學、生物化學、動物實驗、基因工程以及生物制品等研究使用的實驗室統稱為生物安全實驗室，微生物實驗室的設計和配置需要根據實驗需求和安全要求進行定制，通常包括以下組成部分：準備室、洗滌室、滅菌室、無菌室、恒溫培養室和普通實驗室。

微生物實驗室基本構架：

準備室：

用于配制培養基和樣品處理等，

配套設施：實驗臺、藥品柜/試劑柜、專用儲物柜等，

洗滌室：

用于洗刷器皿，在條件允許的情況下，設置洗滌室。

配套設施：加熱器、蒸鍋、洗刷器皿的器具、器具柜等。

滅菌室：

主要用于培養基的滅菌和各種器具的滅菌，

配套設施：高壓蒸汽滅菌器、烘箱等滅菌設施，

無菌室：

主要用于系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。

房間規劃：房間容積不宜過大，以便于空氣滅菌。無菌室外應連接一個小緩沖間，房間安裝紫外線燈管和照明用的日光燈。

恒溫培養室：

為微生物提供一個適宜的生長環境。

房間規劃：設內外兩間，內間為培養室、外室為緩沖室。需安裝恒溫恒濕機，內外室均應在中央安裝紫外線燈。

普通實驗室：

主要用于對微生物的觀察、計數和生理生化的測定。

配套設施：一般需要配置實驗臺、藥品柜、顯微鏡等。