PCR實驗室，已逐漸成為檢驗領域必不可少的一部分，原則上臨床基因擴增檢驗實驗室應當設置以下區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區。這4個區域在物理空間上必須是完全相互獨立的，各區域無論是在空間上還是在使用中，應當始終處于完全的分隔狀態，不能有空氣的直接相通。

試劑貯存和準備區：主要用于貯存試劑的制備、分裝，該區域的面積通常在15~20平方米左右。

標本制備區：主要用于核酸提取、貯存及其加入至擴增反應管。該區域應符合生物安全二級。區域面積大約也在15~20平方米左右。

擴增區：該區域的面積通常在15~20平方米左右。

擴增產物分析區：主要用于擴增片段的進一步分析測定。

同時，PCR實驗室的空氣流向要按照試劑存儲和準備區流向標本制備區，再流向擴增區、擴增產物分析區的順序進行，以防止擴增產物從空氣氣流流入擴增前的區域。